Kiedy ponad milionowa rzesza młodych z całego świata, uczestników VI Światowego Dnia Młodzieży, opuszczała jasnogórskie błonia, św. Jan Paweł II przybył na ul. św. Barbary, by zrealizować jeszcze jeden ważny punkt swojego pobytu w Częstochowie i poświęcić nowy gmach seminarium duchownego w Częstochowie.

Przybywającego do seminarium Ojca Świętego witał napis „Salve in Domino” (Witaj w Panu). Taki napis wita dzisiaj wchodzących do budynku seminarium. 15 sierpnia 1991 r. o godz. 17 na placu seminaryjny czekało na papieża kilka tysięcy osób. Obecni byli także wszyscy klerycy, bardzo licznie zgromadzili się kapłani i siostry zakonne oraz wielka rzesza wiernych. Przy wejściu do seminarium Ojca Świętego powitali serdecznie ówczesny biskup ordynariusz diecezji częstochowskiej Stanisław Nowak i biskup pomocniczy Miłosław Kołodziejczyk – przewodniczący Komitetu Budowy Seminarium, przedstawiciele duchowieństwa oraz przełożeni i profesorowie seminarium z rektorem seminarium ks. prof. Janem Związkiem. Następnie, ku radości zgromadzonych na placu seminaryjnym, Papież ukazał się na schodach wewnętrznego dziedzińca seminaryjnego, gdzie oczekiwano go już od kilku godzin. Oklaskami i śpiewem zgromadzeni witali Jana Pawła II.

W przemówieniu Papież Polak przypomniał związki łączące Kraków z Częstochową. – Mówię o tej więzi ze szczególnym przejęciem i wzruszeniem, bo przecież w niej rosłem jako alumn (krótko, co prawda, ale rosłem), jako kapłan i profesor, jako biskup i wreszcie jako metropolita krakowski. Rosłem najpierw w tej więzi, a potem ją współtworzyłem i broniłem jej z mocą, gdy z zewnątrz próbowano ją rozerwać – mówił Ojciec Święty. Jan Paweł II w swoim przemówieniu przypomniał biskupów częstochowskich i ich starania o solidną formację kleryków. Przypomniał postaci bp. Teodora Kubiny, „który pragnął, by jego seminarium – a poprzez nie diecezja – czerpało obficie z mądrości, kultury i tej jedynej w Polsce atmosfery, jaką tworzył od wieków Uniwersytet Jagielloński ze swoim Wydziałem Teologicznym, ufundowanym przez błogosławioną Jadwigę Wawelską”, i bp. Zdzisława Golińskiego, „który rozpoczął tworzenie środowiska naukowo-formacyjnego w Częstochowie”.

Z ogromną wdzięcznością Ojciec Święty wspomniał bp. Stefana Barełę. – W sierpniu roku 1983, gdy w tym miejscu, na którym dziś stoimy, wbijano w ziemię, jak to się mówi, pierwszą łopatę, skierowałem do śp. biskupa Stefana Bareły słowa błogosławieństwa na budowę nowego seminarium w Częstochowie. Bardzo się cieszę, że tego gorliwego i wiernego pasterza diecezji częstochowskiej, a mojego serdecznego przyjaciela, mogę dzisiaj przywołać w czasie tej podniosłej i radosnej uroczystości poświęcenia najważniejszego domu, jakim jest dla każdej diecezji seminarium duchowne” – mówił Jan Paweł II.

Dużo miejsca w przemówieniu św. Jan Paweł II poświęcił znaczeniu formacji do kapłaństwa, wielkości powołania kapłańskiego. Wskazał na „genius loci” seminarium w Częstochowie. – Trudno tu nie wskazać na wyjątkowość miejsca, w którym wznosi się ten gmach. Można by nawet powiedzieć o swego rodzaju „genius loci”. Seminarium pod Jasną Górą, wśród tysięcznych rzesz pielgrzymich, może i powinno wypełnić wyjątkową misję w skali całej Polski, a nawet świata. W szkole Maryi, która przewodniczy w wierze Ludowi Bożemu, winni wzrastać kapłani na miarę zbliżającego się XXI wieku. Z całym radykalizmem właściwym postawie Maryi stojącej pod krzyżem winni oni głosić Ewangelię Jej Syna i świadczyć o niej życiem, wielkodusznie, bez najmniejszego kompromisu z duchem tego świata, czy też jakiegoś lęku – podkreślił Jan Paweł II. Słowa te wciąż stanowią program formacji seminaryjnej. Dobrze się stało, że zaraz za drzwiami, przy głównym wejściu, widać pomnik św. Jana Pawła II i wyryte w kamieniu słowa z papieskiego przemówienia.

Po wieloletnich staraniach biskupów częstochowskich władze państwowe zezwoliły na budowę gmachu seminarium duchownego diecezji częstochowskiej w Częstochowie pod Jasną Górą. Następnie od roku akademickiego 1991/92 w budującym się jeszcze obiekcie miały być rozpoczęte zajęcia naukowo-dydaktyczne z zakresu filozofii i teologii oraz formacji duchowej. To dzięki zabiegom biskupa częstochowskiego Stanisława Nowaka poświęcenia budynku seminaryjnego dokonał osobiście Ojciec Święty Jan Paweł II.

Bp Teodor Kubina, pierwszy biskup diecezji częstochowskiej utworzył seminarium duchowne w Krakowie, przyłączając je do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Pierwszym rektorem seminarium został ks. dr Karol Makowski. W dniu 2 października 1926 r. pierwsi klerycy rozpoczęli studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. Mieszkali w klasztorze oo. Bernardynów w Krakowie. W chwili otwarcia seminarium liczyło 32 alumnów na trzech kursach ( I-III).

Ze składek wiernych i duchowieństwa diecezji wybudowano, w latach 1928-30, gmach seminaryjny przy ul. Bernardyńskiej 3 w Krakowie. W 1930 r. zamieszkali w nim już klerycy. Uroczystego poświęcenia budynku seminaryjnego dokonał 6 października 1930 r. metropolita krakowski Adam Stefan Sapieha. Do 1954 r. klerycy byli studentami Wydziału Teologicznego UJ, w następnych latach istniało „studium domesticum”.

Decyzją bp. Zdzisława Golińskiego, drugiego ordynariusza częstochowskiego we wrześniu 1957 r. Wyższe Seminarium Duchowne stało się samodzielnym zakładem naukowym. Na mocy umów z Papieską Akademią Teologiczną w Krakowie a obecnie Uniwersytetem Papieskim Jana Pawła II alumni Wyższego Seminarium Duchownego po ukończeniu studiów uzyskują stopień magistra teologii.

Z woli bp. Stefana Bareły, trzeciego ordynariusza diecezji częstochowskiej rozpoczęto w 1983 r. budowę Wyższego Seminarium Duchownego w Częstochowie. W 1991 r. seminarium przeniosło swoją siedzibę do Częstochowy. Nowy gmach został uroczyście poświęcony przez Jana Pawła II w dniu 15 sierpnia 1991 r.

7 czerwca 1996 r. metropolita częstochowski abp Stanisław Nowak uroczyście poświęcił kościół seminaryjny pw. Jezusa Chrystusa Najwyższego i Wiecznego Kapłana.